Badan Geologi mempunyai sembilan satuan kerja (satker) yaitu Sekretariat Badan Geologi (SBG), Pusat Survei Geologi (PSG), Pusat Vulkanologi dan Mitigasi Bencana Geologi (PVMBG), Pusat Sumber Daya Mineral, Batubara dan Panas Bumi (PSDMBP), Pusat Air Tanah dan Geologi Tata Lingkungan (PATGTL), Balai Besar Survei dan Pemetaan Geologi Kelautan (BBSPGL), Museum Geologi (MG), Balai Penyelidikan dan Pengembangan Teknologi Kebencanaan Geologi (BPPTKG), Balai Konservasi Air Tanah (BKAT).
